Al revisar el código se puede ver como se llama al método de borrar las rutas aunque se haya producido un error al subir las mismas, por lo cual, se pierden las rutas aunque no se hayan subido.
Esto se debe solucionar en el fichero UploadActivity. Es tan sencillo como mover la lógica de borrado de rutas al callback public void onSuccess(int arg0, Header[] arg1, byte[] arg2).