早稲田の一部の人で、僕がforkした https://github.com/tossy310/rime/tree/markdownify を使って、wikify_full と同内容のものをmarkdown形式出力したものを使っています。
需要があれば、上の実装をクリーンアップしたものを PR に出したいと思うのですが、いかがでしょうか。
GitHub 上で作問作業をする場合、htmlifyの出力をgithub pagesから見ることも可能ですが、markdownのほうが特別な追加作業なしで見れるので便利でした。
(一方、markdownの表現力が弱いため、表が多少見にくくなりがちです。)