Staprolab ai integration

.github/workflows/issue-solver.yml

@@ -0,0 +1,72 @@
+
+name: Entelligence-AI
+permissions:
+  contents: read
+  issues: write
+on:
+  issues:
+    types: [opened, edited]
+jobs:
+  handle_issues:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Checkout repository
+        uses: actions/checkout@v4
+
+      - name: Setup Node.js 20
+        uses: actions/setup-node@v4
+        with:
+          node-version: '20'
+
+      - name: Extract Repository and Username
+        id: extract-repo-info
+        run: |
+          repo_name=$(basename $GITHUB_REPOSITORY)
+          username=$(dirname $GITHUB_REPOSITORY | cut -d'/' -f1)
+          echo "REPO_NAME=$repo_name" >> $GITHUB_ENV
+          echo "USERNAME=$username" >> $GITHUB_ENV
+
+      - name: Sanitize Issue Body
+        id: sanitize-body
+        run: |
+          sanitized_body=$(echo "${{ github.event.issue.body }}" | tr -d '\r' | tr '\n' ' ')
+          echo "SANITIZED_BODY=${sanitized_body}" >> $GITHUB_ENV
+
+      - name: Debug Sanitized Body
+        run: |
+          echo "Sanitized Body: ${{ env.SANITIZED_BODY }}"
+
+      - name: Call API
+        id: call-api
+        env:
+          API_URL: ${{ secrets.ENTELLIGENCE_AI_ISSUE_API }}
+          ISSUE_TITLE: ${{ github.event.issue.title }}
+          ISSUE_BODY: ${{ env.SANITIZED_BODY }}
+          REPO_NAME: ${{ env.REPO_NAME }}
+          USERNAME: ${{ env.USERNAME }}
+        run: |
+          set +e
+          response=$(curl -s -X POST ${{env.API_URL}} \
+          -H "Content-Type: application/json" \
+          -d "{\"vectorDBUrl\": \"${{env.USERNAME}}&${{env.REPO_NAME}}\", \"title\": \"${{env.ISSUE_TITLE}}\", \"summary\": \"${{env.ISSUE_BODY}}\",  \"repoName\": \"${{env.USERNAME}}/${{env.REPO_NAME}}\"}")
+          body=$(echo "$response" | sed '$d')
+          echo "$response"
+          echo "API_RESPONSE<<EOF" >> $GITHUB_ENV
+          echo $(printf "%s" "$body" | base64) >> $GITHUB_ENV
+          echo "EOF" >> $GITHUB_ENV
+          set -e
+
+      - name: Post Comment on Issue
+        uses: actions/github-script@v6
+        with:
+          github-token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
+          script: |
+            const issueNumber = context.issue.number;
+            const apiResponse = Buffer.from(process.env.API_RESPONSE, 'base64').toString('utf-8');
+
+            github.rest.issues.createComment({
+              owner: context.repo.owner,
+              repo: context.repo.repo,
+              issue_number: issueNumber,
+              body: apiResponse
+            });

data/knowledge_base/smernice_crp.txt

@@ -0,0 +1,27 @@
+Název: Klinické doporučení pro interpretaci C-reaktivního proteinu (CRP)
+
+Datum vydání: 2024-01-15
+Verze: 1.1
+
+Úvod:
+C-reaktivní protein (CRP) je protein akutní fáze zánětu, syntetizovaný v játrech. Jeho hladina v krvi stoupá v reakci na zánět, infekci nebo tkáňové poškození.
+
+Referenční hodnoty:
+- Dospělí: < 5 mg/L
+- Novorozenci: < 10 mg/L (může být fyziologicky vyšší)
+
+Interpretace zvýšených hodnot:
+- Mírné zvýšení (5 - 10 mg/L): Může být přítomno u mírných lokálních zánětů, virových infekcí, po fyzické námaze, v těhotenství nebo u kuřáků. Vyžaduje zvážení klinického stavu.
+- Střední zvýšení (10 - 50 mg/L): Často doprovází bakteriální infekce (např. bronchitida, cystitida), aktivní autoimunitní onemocnění, nebo pooperační stavy.
+- Výrazné zvýšení (50 - 200 mg/L): Typické pro závažné bakteriální infekce (např. pneumonie, pyelonefritida), rozsáhlé trauma, popáleniny, akutní infarkt myokardu.
+- Extrémní zvýšení (> 200 mg/L): Může signalizovat sepsi, závažné systémové infekce nebo rozsáhlé popáleniny. Vyžaduje urgentní řešení.
+
+Dynamika CRP:
+Hladina CRP stoupá rychle (během 6-8 hodin od začátku podnětu) a také rychle klesá po odeznění příčiny (poločas cca 19 hodin). Sledování dynamiky CRP je užitečné pro monitorování průběhu onemocnění a odpovědi na léčbu.
+
+Upozornění:
+- Izolované mírné zvýšení CRP bez klinických příznaků by mělo být hodnoceno s opatrností.
+- Chronicky mírně zvýšené CRP (hs-CRP) je spojováno se zvýšeným kardiovaskulárním rizikem.
+
+Doporučení:
+Interpretace CRP musí vždy probíhat v kontextu klinického stavu pacienta, anamnézy a dalších laboratorních nálezů. V případě nejasností nebo výrazně zvýšených hodnot je indikováno další došetření.

data/knowledge_base/smernice_psa.txt

@@ -0,0 +1,38 @@
+Název: Doporučení pro interpretaci Prostatického Specifického Antigenu (PSA)
+
+Datum vydání: 2023-11-20
+Verze: 1.0
+
+Úvod:
+Prostatický specifický antigen (PSA) je glykoprotein produkovaný epiteliálními buňkami prostaty. Jeho hladina v séru se využívá jako tumorový marker pro karcinom prostaty, ale může být zvýšena i u nezhoubných stavů.
+
+Referenční hodnoty a věková specifika:
+Referenční rozmezí pro PSA se liší v závislosti na věku:
+- Muži 40-49 let: obvykle do 2.5 µg/L (ng/mL)
+- Muži 50-59 let: obvykle do 3.5 µg/L
+- Muži 60-69 let: obvykle do 4.5 µg/L
+- Muži >70 let: obvykle do 6.5 µg/L
+Je důležité používat věkově specifické referenční meze poskytované konkrétní laboratoří.
+
+Příčiny zvýšené hladiny PSA:
+1.  Karcinom prostaty: PSA je klíčovým markerem, ale ne všechny karcinomy prostaty produkují vysoké hladiny PSA.
+2.  Benigní hyperplazie prostaty (BHP): Častá příčina zvýšení PSA u starších mužů. Zvětšená prostata produkuje více PSA.
+3.  Prostatitida (zánět prostaty): Akutní i chronický zánět může vést k výraznému zvýšení PSA.
+4.  Mechanické podráždění prostaty: Např. po digitálním rektálním vyšetření, cystoskopii, biopsii prostaty, katetrizaci nebo ejakulaci. Doporučuje se odběr krve na PSA před těmito výkony nebo s odstupem.
+5.  Ischemie nebo infarkt prostaty.
+
+Interpretace a doplňující faktory:
+- Rychlost PSA (PSA velocity): Změna hladiny PSA v čase. Rychlý nárůst může být podezřelý i při hodnotách v referenčním rozmezí.
+- Poměr volného a celkového PSA (f/t PSA ratio): Užitečné při hodnotách PSA v tzv. "šedé zóně" (např. 4-10 µg/L). Nižší poměr (<0.15 nebo <15%) zvyšuje podezření na karcinom.
+- Hustota PSA (PSA density): Hladina PSA vztažená k objemu prostaty.
+- Anamnéza pacienta: Rodinná zátěž karcinomem prostaty, symptomy dolních močových cest, předchozí operace prostaty, probíhající léčba.
+- Léky: Některé léky (např. inhibitory 5-alfa-reduktázy jako finasterid, dutasterid) mohou snižovat hladinu PSA.
+
+Doporučení:
+- Zvýšená hladina PSA by měla být vždy hodnocena urologem.
+- Samotná hodnota PSA není diagnostická pro karcinom prostaty. Je nutné komplexní posouzení zahrnující anamnézu, fyzikální vyšetření (včetně digitálního rektálního vyšetření) a případně další zobrazovací metody (např. transrektální ultrasonografie, MRI prostaty) a biopsii prostaty.
+- U pacientů s diagnostikovaným karcinomem prostaty se PSA používá k monitorování úspěšnosti léčby a detekci recidivy.
+- Screening PSA u asymptomatických mužů je kontroverzní téma a měl by být diskutován individuálně s lékařem s ohledem na potenciální přínosy a rizika.
+
+Kumulativní hodnocení:
+Při hodnocení aktuální hodnoty PSA je klíčové srovnání s předchozími hodnotami pacienta (pokud jsou dostupné) pro posouzení trendu. AI systém by měl mít přístup k historickým datům PSA pro daného pacienta, pokud je to možné.

requirements.txt

@@ -0,0 +1,14 @@
+langchain
+langchain-openai
+langchain-community
+openai
+fastapi
+uvicorn[standard]
+azure-search-documents
+azure-identity
+python-dotenv
+pypdf
+requests
+tiktoken
+# Pro testování PDF generace v document_loader.py, pokud by bylo odkomentováno:
+# reportlab

src/ai_engine/__init__.py

@@ -0,0 +1 @@
+# src/ai_engine/__init__.py

src/ai_engine/core/__init__.py

@@ -0,0 +1 @@
+# src/ai_engine/core/__init__.py